La légende affirme qu’il y avait déjà sur les lieux un site druidique auprès d’une source entourée de rochers, mais c’est au XII ème siècle que la Vierge Marie serait apparue à un personnage énigmatique, probablement un criminel fuyant la justice, qui lui aurait dit pour le salut de son âme : « va te confesser au Prieur de Noirétable et reviens ici faire pénitence ». Le Prieuré de Noirétable avait été fondé aux alentours du XI siècle par l’abbaye de Cluny.
Il devint le premier ermite de ces lieux. Très rapidement, les pèlerins vinrent nombreux en ce lieu reculé prier auprès de la source miraculeuse et de la pierre qu’aurait foulée la Vierge Marie. Une première église est bâtie non loin de la source, puis une autre appelée la « grande église construite au XIV ° pour laquelle on a un des premiers actes officiel mentionnant le pèlerinage de Noirétable en date de 1381. Cette église était desservie par les moines bénédictins du Prieuré de Noirétable.
Mais il faudra attendre 1669 pour qu’un premier monastère ne soit construit autour du rocher de Pérotine, au prix d’efforts inouïs, par les Missionnaires Royaux du diocèse de Clermont. (Les lieux seront transférés au diocèse de Lyon après le concordat de 1802).
Une maison plus vaste, celle qui forme aujourd’hui le bâtiment principal, avec les encadrements de fenêtres en pierre sombre de Volvic, est érigée vers 1740. L’Hermitage devient le « Noviciat » c’est-à-dire la maison de formation des missionnaires royaux.
Mais la Révolution fait fuir les missionnaires qui se cachent dans les fermes du Livradois voisin. Le sanctuaire s’éteint pendant près de quatre-vingts ans. Mais suivant la tradition les pèlerins continuent cependant à venir encore prier à la source. Cependant la grande église tombe lentement en ruines et les bâtiments du sanctuaire en très mauvais état sont malgré quelques tentatives de restauration comme avec les pères de l’Union au Très Saint Sacrement en 1870..sans lendemain.
Enfin les prêtres missionnaires de la toute nouvelle congrégation de la Salette s’y installent le 7 février 1889 et restaurent les lieux. Cependant les lois sévères contre les congrégations à la fin du XIX et début du XX siècle font fuir une nouvelle fois les prêtres. Le sanctuaire est néanmoins heureusement sauvegardé par des prêtres séculiers (les abbés Gouttefangeas originaires de Noirétable) désignés par l’Archevêque de Lyon.
Les pères de la Salette reviennent en 1925. L’église actuelle qui est l’agrandissement de l’ancienne chapelle des missionnaires est construite à partir de 1932 et bénie par l’archevêque de Lyon en 1935.
En 1951, un terrible incendie ravage le bâtiment principal, ne laissant que les murs. La reconstruction grâce aux dons de très nombreux bienfaiteurs se fera au prix d’extrêmes difficultés. Elle permettra de cependant de rajouter un troisième étage de chambres au bâtiment principal.
Prenant la succession de la Congrégation des missionnaires de Notre Dame de la Salette, les sœurs de la Salette sont installées à l’Hermitage le 8 septembre 2001 par Mgr Joatton évêque du diocèse de Saint Etienne.
Notre-Dame de l' Hermitage se présente comme site patrimonial d'exception, doté de remarquables oeuvres d'art comme les fresques du Père Gaschon et de Barbier, les Statues de la Vierge ou les Croix de mission.